INVESTIGAR EN MÁLAGA

La UE destina 2,6 millones al desarrollo de herramientas para manejar datos genéticos

  • El profesor Oswaldo Trelles dirige un consorcio internacional que buscará nuevas aplicaciones de súper computación y modelos matemáticos para analizar miles de millones de datos genómicos y proteómicos ·La búsqueda de tratamientos médicos adaptados al perfil genético, objetivo final del proyecto

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La Comisión Europea ha aprobado un presupuesto de 2,6 millones de euros para que el profesor de informática de la Universidad de Málaga (UMA), Oswaldo Trelles, al mando de un equipo compuesto por seis grupos de investigadores de España, Alemania y Austria, desarrolle herramientas capaces de manejar grandes cantidades de datos biológicos y biomédicos. 

La primera secuencia completa del genoma humano necesitó 13 años de investigaciones y un presupuesto de 3.000 millones de dólares. El día que los entonces presidentes de Estados Unidos y Reino Unido, Bill Clinton y Tony Blair, recibieron en la Casa Blanca a los genetistas Francis Collins y Craig Venter para presentar el primer borrador se dijo que no había sucedido nada tan importante en el mundo de la ciencia desde que el hombre llegó a la luna. “Hoy un genoma se secuencia por 1.000 dólares y mis colegas de Brasil secuencian el de una bacteria en un par de horas”, apunta Oswaldo Trelles. Es más, desde febrero de 2012 existe en el mercado un dispositivo electrónico del tamaño de un lápiz de memoria que ofrece la secuenciación de un genoma por 900 dólares y en apenas unas horas.

La denominada revolución ómica, aunque ha nacido y crecido de la mano de las TIC, tiene dos problemas dos problemas sobre la mesa: cómo mover y copiar grandes cantidades de datos con una tecnología diseñada para volúmenes inferiores (the big data problem) y cómo analizar esa información desde varios puntos de vista, cuestión que demanda nuevos modelos matemáticos y estadísticos para procesar la información.

“Necesitamos la súper computación no sólo para procesar los datos, sino también para crear nuevos métodos de análisis porque las herramientas que teníamos para estudiar un gen no son válidas para el genoma y los modelos estadísticos de entonces no encajan ahora”, puntualiza Oswaldo Trelles. El equipo, además, trabajará en súper computación en la nube(cloud computing).

Esas cuestiones son las que pretende resolver el trabajo denominado Mr. Symbiomath en el que participan, junto al grupo de la Escuela de Informática de Málaga, expertos del Hospital Carlos Haya, de la universidad Johannes Kepler y el Research Institute in Symbiotic de Austria, del Leibniz-Rechenzentrum de Alemania y la empresa Intergromics, spin off de la universidad de Málaga actualmente instalada en el Parque de la Salud de Granada.

El proyecto, que se ejecutará en cuatro años, busca desarrollar herramientas capaces, por un lado, de hallar la relación que existen entre los genes y las alergias, de forma que se pueda prevenir la reacción de cada individuo ante un tratamiento, y, por otro, esas herramientas deben permitir trabajar con todos los datos del genoma y realizar genómica comparativa. En este último caso se estudia cómo han evolucionado los diferentes organismos para comprobar si existe relación entre las variaciones genéticas de los pacientes y su respuesta a los tratamientos.

“Esto es sólo la punta del iceberg”, subraya Oswaldo Trelles. “Debajo hay un montón de ciencia básica aplicable a cualquier materia que requiera el manejo de montañas de datos”. Y alude no sólo a la medicina genómica, sino también a herramientas para analizar información orientada al marketing, defensa, astronomía o redes sociales. De hecho, la Comisión Europea está especialmente interesada en que se estudie el movimiento de los datos en los dispositivos móviles, al tiempo que ha pedido al equipo que “exploremos el uso de las redes sociales para hacer ciencia y que después les expliquemos esa experiencia con facebook o twitter”.

El proyecto cuenta con el respaldo económico de la línea People del programa Marie Curie de la Unión Europea, una iniciativa dirigida a fomentar el desarrollo de carreras investigadoras de alto nivel. De hecho los 2,6 millones de euros se destinarán en gran medida al intercambio científico entre los equipos que forman parte del consorcio. “Todos los grupos tienen algo que ofrecer y todos enviarán a expertos a otros centros. Se moverán unas 20 personas”, apunta Oswaldo Trelles. De entrada, dos investigadores de la Universidad de Málaga trabajarán durante dos años en la empresa austriaca Research Institute in Symbiotic (RISC) de Austria en el campo de la computación estadística, la asociación entre genes y datos clínicos y la gestión de proyectos en empresas. 

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